《下厨房》是一部将美食与奇幻悬疑相结合的青年漫画。故事围绕一家只在深夜营业、没有菜单的神秘餐馆展开。主厨“老饕”能根据客人的心情和愿望，烹饪出具有神奇效果的料理：治愈失恋的“忘忧拉面”、能让人说实话的“千层谎言酥”、甚至能让人体验他人记忆的“回魂汤”。每道料理背后都隐藏着一段尘封往事和一次灵魂的拷问。身份成谜的老饕与为了调查失踪前任主厨而潜入的记者小何，在深夜的厨房里，揭开了一个个关于人性与欲望的故事。
警方根据线索找到了这家店，怀疑老饕与前任主厨的失踪有关。老饕坦然地为他们做了一桌宴席，并在菜里“下了药”——一种能让人看到真相的香料。警方在幻觉中看到，前任主厨是为了拯救一个被黑道追杀的客人而自愿离开的。真相大白，老饕将这家店交给了记者小何，自己则消失在夜色中。
一名政客要求老饕做一道能让他骗过测谎仪的甜点，老饕却反其道而行之，给了他“千层谎言酥”。政客在发表演讲时吃下，结果每一句话都变成了无比真诚的心里话，包括贪污金额和婚外情细节。政客当场被捕，而这家店的排队人数却创下了新高。
一个失忆的男人来寻找记忆，老饕为他熬制了“回魂汤”。男人喝下后，看到的却是他作为杀手杀害无辜者的画面。他惊恐地摔碎碗，夺门而出，第二天却在新闻里看到他是警方通缉的逃犯。小何问老饕为何帮助罪犯，老饕说：“我只是帮他想起了自己是谁。”
一位女士每天来买同样的便当，要求加入“能让人倒霉”的调料。老饕观察了她三天，发现她是个职场霸凌受害者。老饕在便当里放了一种“共情辣椒”，那位霸凌她的上司吃下后，全身剧痛，并被迫体会到所有被她伤害过的人的痛苦，当场精神崩溃道歉。
小何在调查中发现，老饕每天都要在空座位上多煮一碗面。原来，老饕曾是战地厨师，这碗面是献给死去的战友的。老饕通过美食与幽灵对话，让他们安息。小何第一次见到这种景象，吓得打翻了汤碗，却被老饕笑着罚去洗一个月的碗。
一个失恋的女孩点了“忘忧拉面”，老饕警告她，忘记痛苦的同时也会失去那部分爱的记忆。女孩毫不犹豫地吃下，瞬间忘记了前任，却也在走出店门时，记不起自己为何要哭。她站在十字路口迷茫的样子，让躲在暗处观察的小何第一次感受到了这家店的残酷与温柔。